Centrum Monitoringu i Ochrony Wód Uniwersytetu Gdańskiego aktywnie współpracuje z następującymi kołami naukowymi:
- Studenckim Kołem Naukowym Geografów na Wydziale Oceanografii i Geografii Uniwersytetu Gdańskiego
- Studenckim Kołem Naukowym GIS "Gisoteka" na Wydziale Oceanografii i Geografii Uniwersytetu Gdańskiego
- Studenckim Kołem Oceanografów na Wydziale Oceanografii i Geografii Uniwersytetu Gdańskiego
- Kołem Naukowym Mikrobiologia w Inżynierii Środowiska "MiŚ" na Wydziale Inżynierii Lądowej i Środowiska Politechniki Gdańskiej
- Naukowym Kołem Chemików Studentów Politechniki Gdańskiej – NKCh na Wydziale Chemii Politechniki Gdańskiej
- Kołem Naukowym Ekohydrologii na Wydziale Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego