Misją Centrum Monitoringu i Ochrony Wód (CMiOW) jest działalność naukowo-dydaktyczno-szkoleniowa w zakresie: inteligentnego monitoringu środowiska wodnego; opracowywania nowych kryteriów służących do konstruowania programów ochrony wód powierzchniowych w celu łagodzenia skutków eutrofizacji; optymalizacji istniejących metod rekultywacji jezior oraz wprowadzania nowych rozwiązań w tym zakresie; rozwijania nowych modeli integracji na rzecz ochrony wód poprzez rozwój nauki obywatelskiej („Citizen Science”).
