Plan budowy na Pojezierzu Kaszubskim stacji badawczej o profilu limnologicznym zainicjował doc. dr Kazimierz Łomniewski. Miejsce lokalizacji, nad północnym brzegiem Jeziora Raduńskiego Górnego we wsi Borucino, odzwierciedla charakterystyczne dla Pojezierza Kaszubskiego zróżnicowanie środowiska geograficznego, co jest typowe dla terenów młodoglacjalnych i daje ogromne możliwości prowadzenia badań naukowych. Odzwierciedleniem owej różnorodności fizycznogeograficznej jest m.in. mnogość form morfologicznych, zróżnicowanie litologiczne osadów powierzchniowych, specyficzne warunki klimatyczne i hydrograficzne. Z uwagi na takie położenie, Stacja stała się ośrodkiem badań nie tylko w zakresie limnologii i hydrografii, ale też różnokierunkowych badań geograficznych całego Pojezierza Kaszubskiego oraz miejscem odbywania praktyk przez studentów kierunku geograficznego.
Historia Stacji rozpoczyna się w roku 1959, kiedy to z inicjatywy doc. dra K. Łomniewskiego postanowiono zlokalizować w Borucinie obiekt naukowo-badawczy usytuowany nad brzegiem Jeziora Raduńskiego Górnego. Decyzją Rady Wydziału Geograficznego WSP w Gdańsku z dnia 19 lipca 1959 r. bezpośrednia opieka nad Stacją i nadzór nad jej budową zostały powierzone mgr. Euzebiuszowi Okulanisowi. Uroczyste rozpoczęcie działalności Stacji Limnologicznej Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku, jak brzmiała wtedy jej oficjalna nazwa, odbyła się w dniu 1 października 1959 roku. Z chwilą powstania Stację włączono w strukturę organizacyjną Katedry Geografii Fizycznej, a jej pierwszym kierownikiem naukowym został doc. dr Kazimierz Łomniewski (od 1962 roku profesor nadzwyczajny).
Uroczyste rozpoczęcie działalności Stacji Limnologicznej w Borucinie 1 października 1959 roku. W bramie wejściowej do budynku stacyjnego od prawej: doc. dr Kazimierz Łomniewski (pomysłodawca i pierwszy kierownik Stacji), mgr inż. Maria Krynicka (dziekan Wydziału Geograficznego WSP), od lewej: doc. dr Andrzej Bukowski (rektor WSP w Gdańsku). Fot. Jerzy Szukalski (z archiwum autora)
Na wyposażeniu Stacji znajdował się nowoczesny, jak na ówczesne standardy, sprzęt do pomiarów hydrograficznych (zestawy termometrów odwracalnych i batytermograf do głębokościowych pomiarów temperatury wody, prądomierze, limnoaktynometr, tyczki Frouda i perspektometr Iwanowa do pomiarów falowania, młynki hydrometryczne, batometry oraz sondy pucharowe i rdzeniowe do poboru osadów dennych) oraz meteorologicznych (barometr rtęciowy, termografy, higrografy, barografy, anemografy i wiatromierze indukcyjne z kierunkowskazem, anemometry różniczkowe, psychrometry, zestawy termometrów klatkowych i gruntowych, heliograf). Pod względem wyposażenia w przyrządy meteorologiczne oraz pod względem zakresu programu obserwacyjno-pomiarowego, realizowanego nieprzerwanie od połowy 1960 r., Stacja była klasyczną stacją klimatologiczną. W 1963 roku zapoczątkowano pomiary parowania z wolnej powierzchni wody (ewaporometry GGI-3000 – pływający i lądowy) i parowania z powierzchni gruntu (lizymetr). Oprzyrządowanie Stacji w nowoczesną aparaturę pomiarową było możliwe dzięki bliskiej współpracy Katedry Geografii Fizycznej WSP z Państwowym Instytutem Hydrologiczno-Meteorologicznym w Gdyni.
W 1967 r. Stacja Limnologiczna została wyłączona z Katedry Geografii Fizycznej i stała się niezależną jednostką organizacyjną pozostającą w strukturze organizacyjnej Wydziału Nauk o Ziemi WSP. Funkcję kierowniczą nadal sprawował prof. dr Kazimierz Łomniewski.
Z dniem 1 października 1969 roku funkcję kierownika Stacji Limnologicznej przejął ówczesny prodziekan Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi WSP w Gdańsku doc. dr Jerzy Szukalski.
Wraz z utworzeniem z dniem 20 marca 1970 r. Uniwersytetu Gdańskiego (Dz. U. z 1970 nr 6 poz. 49), Stacja Limnologiczna stała się zamiejscową placówką uczelni wyższej mającej już status uniwersytetu (Uniwersytet Gdański rozpoczął formalnie działalność 1 lipca 1970 r.). Stacja Limnologiczna w Borucinie stała się osobną jednostką organizacyjną Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi UG wchodzącą w skład Instytutu Geografii. Dalej kierownikiem Stacji był doc. dr Jerzy Szukalski (pierwszy kierownik Katedry Hydrografii i Klimatologii UG), natomiast funkcję zastępcy kierownika do spraw administracyjnych i pomiarowych pełnił mgr Euzebiusz Okulanis.
W wyniku nawiązania w 1971 roku ścisłej współpracy z Instytutem Meteorologii i Gospodarki Wodnej (IMGW) Stacja Limnologiczna w Borucinie została włączona do krajowej sieci posterunków ewaporometrycznych i wodowskazowych IMGW. Wyniki prowadzonych obserwacji wodowskazowych (stany wody i temperatura wody) są od tego czasu publikowane w rocznikach hydrologicznych wód powierzchniowych. Podpisanie porozumienia o współpracy doprowadziło również do uruchomienia w 1974 roku pomiarów ewaporometrycznych z basenu o standardowej powierzchni 20 m2.
Wraz z rozpoczęciem roku akademickiego 1972/1973 na stanowisko kierownika Stacji Limnologicznej w Borucinie został mianowany dr Euzebiusz Okulanis, bezpośredni opiekun i administrator tej placówki od chwili jej uruchomienia.
Pod koniec 1981 r., wskutek zmian organizacyjnych, jakie nastąpiły na Wydziale BiNoZ (likwidacja struktur instytutowych na kierunkach geografia i biologia), w 1982 r. Stacja w stała się ponownie samodzielną jednostką organizacyjną Wydziału podległą bezpośrednio dziekanowi. Jej status organizacyjny pozostał niezmienny także po zmianie nazwy wydziału na Wydział Biologii, Geografii i Oceanologii (BGiO), co nastąpiło 1 kwietnia 1985 r. Jej kierownikiem nadal pozostawał dr Euzebiusz Okulanis.
Kolejne zmiany organizacyjne na Wydziale BGiO spowodowały, że 1 września 1993 r. powołano Zakład Limnologii w skład, którego włączona została Stacja, a bezpośredni nadzór nad nią sprawował ówczesny kierownik, docent, a od 1994 r. profesor nadzwyczajny UG dr hab. Władysław Lange (oficjalnie stanowisko to objął 1 września 1999 r.). Z początkiem czerwca 1997 r. dotychczasowego administratora Stacji, którą to funkcję pełnił doc. dr hab. Euzebiusz Okulanis, zastąpił mgr Sławomir Skierka.
Na podstawie nowego porozumienia o współpracy zawartego 9 września 2004 r. pomiędzy Wydziałem Biologii, Geografii i Oceanologii UG a Instytutem Meteorologii i Gospodarki Wodnej Stacja Limnologiczna w Borucinie oraz Jezioro Górne Raduńskie zostały włączone do sieci monitoringu hydrologiczno-meteorologicznego IMGW. W ramach tego porozumienia IMGW zainstalował w Borucinie automatyczną stację meteorologiczną Vaisala MILOS-500 oraz uruchomił i wyposażył pływający posterunek ewaporometryczny na Jeziorze Raduńskim. Standardowa stacja klimatologiczna, działająca równolegle ze stacją automatyczną, funkcjonuje, podobnie jak w latach ubiegłych, jako stacja III rzędu (trzy obserwacje na dobę).
Kolejne zmiany organizacyjne i personalne Stacja przeszła na przełomie 2005/2006. Z dniem 26 stycznia 2006 r. Stacja Limnologiczna została wyłączona z Katedry Limnologii i stała się samodzielną jednostką organizacyjną w ramach Instytutu Geografii, utworzonego 1 października 2005 r., a kierownikiem z dniem 1 lutego 2006 r. został dr hab. Jerzy Jańczak.
Po przejściu na emeryturę dr. hab. prof. UG Jerzego Jańczaka na stanowisko kierownika Stacji Limnologicznej z dniem 1 października 2012 r. nominowany został dr hab. prof. UG Dariusz Borowiak. Od czerwca 2021 r. funkcję kierownika Stacji Limnologicznej UG pełniła prof. dr hab. inż. Julita Dunalska.
Poza badaniami naukowymi, których zakres merytoryczny był nieustannie poszerzany, Stacja realizowała zadania dydaktyczne związane z kształceniem studentów kierunku geograficznego, prowadziła zajęcia w zakresie edukacji ekologicznej przeznaczone dla młodzieży szkolnej oraz współuczestniczyła w organizacji kursów i szkoleń. Program dydaktyczny Stacji wiązał się zarówno z realizacją przez poszczególne jednostki Instytutu Geografii UG przedmiotowych ćwiczeń terenowych z topografii, meteorologii, geomorfologii i hydrologii, jak też wprowadzaniem różnych form zajęć uzupełniających, takich jak praktyki specjalizacyjne, dyplomowe czy zawodowe. Na Stacji lub w jej otoczeniu podejmowane były często tematy prac licencjackich i magisterskich, przy realizacji których wykorzystywano gromadzone przez ponad 50 lat bogate zasoby archiwalnej dokumentacji pomiarów hydrologiczno-meteorologicznych.
1 lutego 2023 roku, Zarządzeniem nr 10/R/23 Rektora Uniwersytetu Gdańskiego z dnia 31 stycznia 2023 roku w sprawie zmiany Regulaminu Organizacyjnego Uniwersytetu Gdańskiego, Stacja Limnologiczna w Borucinie została przekształcona w Centrum Monitoringu i Ochrony Wód (CMiOW). Funkcję kierownika CMiOW pełni prof. dr hab. inż. Julita Dunalska. Centrum będzie kontynuowało działalność Stacji Limnologicznej oraz poszerzało działalność naukowo-dydaktyczno-szkoleniową w zakresie ochrony zasobów wodnych.
